9월 5일 자 <한국일보>는 검사의 보완수사권 존폐를 두고 발생한 여권과 검찰의 갈등에 대해 보도했다. 검찰청 폐지, 중대범죄수사청 설치 등의 개혁에도 강하게 의견을 표출하지 않았던 검찰이 보완수사는 검찰의 본질적 의무라며 공개적으로 반대 의견을 낸 것이다. 4일 노민석 검찰총장 직무대행은 "적법절차를 지키면서 보완수사를 통해 진실을 밝히는 것은 검찰의 권한이 아니라 의무"라고 밝혔다. 

한편 여당과 경찰 측은 보완수사권을 폐지하고 보완수사 요구권을 남긴다면 검찰이 경찰 수사를 통제할 수 있는 장치가 존재한다며 수사 품질 저하, 수사 지연 등의 예상되는 문제들을 완화할 수 있다고 보았다. 

그러나 많은 전문가들이 보완수사권 폐지에 대해 우려를 내비치고 있다. 법적 구속력이 없는 검사의 보완수사 요구에 경찰을 비롯해 피의자도 신속하게 응할 가능성이 낮다고 보는 것이다. 이에 대해 박찬운 한양대 법학전문대학원 교수는 "검찰이 그동안 해온 보완수사를 모두 경찰에 보완수사 요구로 바꾸면 무슨 일이 벌어지겠는가. 수십만 건의 사건 처리가 원활하게 될 수 있겠느냐"라고 언급했다.